За това, естествено, има много теории. Някои учени вярват че прабългарите са създали Мадарския конник, а други смятат, че това е дело на тракийците. Има дори съмнения, че може би някакъв латински крал е изобразен на скалния релеф, но пък има и твърдения, че това всъщност е дело на много по-древна цивилизация.
Първата теория е, че Мадарския конник всъщност изобразява хан Тервел. Под скалният релеф има йероглифи на гръцки език, които разказват за събития разиграли се през 8-ми и 9-ти век като също така се споменават имената на много български ханове сред които Тервел и Омуртаг. Също така една от случките, която е описана много подробно на този скален релеф на гръцки език е случилото се през 705-та година когато византийския император Юстиниан е свален от престола по насилствен път. Той тръгва да търси помощ от българския хан Тервел, който се отзовава като му помага и в отплата Юстиниан плаща годишен данък на българите и се смята, че на скалния релеф е изобразен хан Тервел, защото в такива подробности е описана тази случка.
Други обаче смятат че Мадарския конник всъщност изобразява хан Омуртаг, защото в езическите светилища, които се намират там има надписи, които споменават хан Омуртаг и така се прави връзката, че изобразения конник всъщност е хан Омуртаг.
Има обаче и твърдения, че това всъщност е древно светилище на траките, защото в района са намерени плочки на тракийски герои. Също така в подножието на Мадара се намира и пещерата на нимфите, където траките са почитали своите древни божества.
Идва ред и най-интересната теория, според която Мадарския конник не е дело нито на прабългарите, нито на траките, а на много по-древна цивилизация. Доказателствата за това са не едно и две. Присъствието на лъв и късо копие в Мадарския конник насочват вниманието ни към други възможни паралели. Част от българските учени правят препратки към тракийските конници, но наличието на орнаментирана конска сбруя, сплетена опашка и седло в каменния релеф указват за по-късен паметник. Второто доказателство в подкрепа на тази теория може да бъде намерено, ако се изследва каменният релеф и самата каменна картина. С помощта на науката за камъка петрология може да се изследва кои части на Мадарския конник са по-стари от други, тъй като естествено по-стари части ще бъдат по-изветрели и по-ерозирали и самите им ъгли ще бъдат по-заоблени. Докато например по-новите части на Мадарския конник ще бъдат с по-остри ъгли и по този начин ще може да се отсъди кога е бил създаден този конник или поне части от него. По този начин става ясно, че например лъвът от картината е много по-стар отколкото е кучето, а пък конникът е бил преправен във времето, което от своя страна говори, че някоя много по-древна цивилизация отколкото траките или прабългарите са създали Мадарския конник като в оригиналната картина са присъствали само лъвът и коня. Също така става ясно, че лъвът е имал крила, които са били премахнати по-късно, кучето пък изобщо не е съществувало в първоначалната картина. Може да се съди, че на по-късен етап когато прабългарите или траките са дошли, те са преправили Мадарския конник по начин, по който да изобразява например ловна сцена като са добавили кучето. По този начин на по-късен етап са добавени и гръцките надписи и се е получило едно изображение на хан Тервел или хан Омуртаг и картината на Мадарския конник в началото е представлявала нещо съвсем друго. В по-късен етап е била преправена като това от своя страна води до логичното заключение, че много по-древна цивилизация отколкото траките или прабългарите всъщност са отговорни за създаването на Мадарския конник.